L'histoire de l'Eglise Saint-Bénigne est longue, ponctuée d'écroulements, destructions, reconstructions ; de cérémonies officielles : réception du Duché de Bourgogne par Philippe le Hardi le 26 novembre 1364 , ou plus intimes : baptême de Frédéric Bertrand le 20 mars 1816, obsèques de Georges le 28 mars 1826.
Elle débute comme suit, selon Eugène Fyot :
" Au commencement du VI ème siècle, un vaste cimetière, dépendant de la basilique Saint-Jean, occupait l'emplacement et les alentours de l'église Saint-Bénigne actuelle. Au centre de ce cimetière apparaissait à peine, sous les ronces qui la recouvraient, la toiture d'une de ces cryptes (.../...), sortes de chapelles souterraines, destinées à soustraire aux profanations des païens les corps des martyrs ou des chrétiens de marque.
Chose singulière, le peuple venait en foule devant ce tombeau mystérieux, pour y vénérer, disait-on, les restes de Saint-Bénigne, premier apôtre de la Bourgogne. Or, en 511, l'évêque de Langres, saint Grégoire, en résidences fréquentes à Dijon, ne voyait pas d'un oeil favorable cette vénération qu'il estimait superstitieuse ; mais comme il avait interdit les abords de la crypte, saint Bénigne, dit le chroniqueur Grégoire de Tours, lui apparut la nuit suivante et lui reprocha d'éloigner les fidèles de son tombeau. Saint Grégoire, reconnaissant alors son erreur, fit ouvrir la crypte où l'on trouva un grand sarcophage restangulaire, long de 2m 10 et large de 0m 80. Ce sarcophage taillé en pierre contenait en effet le corps de Saint-Bénigne.
L'évêque ordonna qu'une grande basilique serait bâtie sur la crypte."
En 1793, la rotonde de l'église, dernière mouture, fut détruite, la crypte comblée par les gravats. Elle ne sera redécouverte qu'en 1843 au hasard de la construction d'une sacristie. Ce qui restait du tombeau de Saint Bénigne ne sera exhumé que le 27 novembre 1858 (reliques dispersées avant ou perdues à la Révolution).
C'est dire que Louis n'a jamais pu connaître cette "crypte ténébreuse"où Scarbo menaçait de le coucher "debout contre la muraille ", pas plus qu'il n'a pu buter contre sa dalle sombre comme l'a pensé Henri Corbat.
